根據臺灣行政院衛生署2002年公布的“健康食品之胃腸道功能改善評估方法”可知，如果食品具有（1）促進消化吸收，（2）改善腸內細菌菌相，（3）促進腸道蠕動，幫助維持腸道正常機能等三種功能中任一種功能時，可認為該食品具有改善胃腸道功能。

    低聚糖，即寡糖幾乎都能到達腸道末端被雙歧桿菌發酵利用，其中木寡糖的生理活性較其它寡糖佳，只需其它寡糖用量的1/4至1/10即可達到促進雙歧桿菌增殖并改善腸道菌群的效果。有研究指出，每天攝取0.7～1.4g木寡糖即可改善腸道內菌相，促進雙歧桿菌增殖。且雙歧桿菌利用木寡糖增殖的過程中，會使腸道發酵產生短鏈脂肪酸使腸道pH值下降，并抑制腸道有害菌群的滋生及減少腸內菌的腐敗物產生。還可以幫助人體合成B族維生素及增強機體免疫力。

     1990年Okazaki等人對木寡糖進行體外與體內試驗，結果在體外試驗中發現雙歧菌屬的菌種均可利用木寡糖，但其它腸內有害菌對木寡糖的利用效果卻不佳。在人體試驗中，每天給予受試者5.0g木寡糖，連續使用三周后，發現糞便中的總菌數不便，但雙歧桿菌的比例卻明顯的增加。有研究報告指出少量寡木糖（0.7g/d）即可改善腸內菌群變化，促進腸內有益菌生長，增加糞便保水力，改善便秘（Okazaki et al.,1991）。亦有報告指出，腹瀉者服用木寡糖可改善其排便次數及使其排便量減少，但若攝取過多木寡糖（8g/d），則會引起腹瀉（Ohku,1992）。在1991年Kobayashi等學者，分別以10位30～60歲的健康男性為對象，分為三階段進行實驗，分別給予2、5、10g木寡糖，每階段為期5天，且每階段間隔9天，期間并去除實驗影響因素，如納豆及含有生菌的食品等，結果顯示，未使用木寡糖時腹瀉比例為7.7%，使用2.0g木寡糖腹瀉的比例降為2%，而5、10g可能因用量稍多，刺激腸道蠕動過快，所以效果較不明顯；而在排便次數及糞便硬度方面，使用2.0g木寡糖階段皆顯著低于其他階段，可能因糞便保水力增加及糞便量增加的緣故。

     木寡糖屬于可溶性膳食纖維，但它卻不能被人體消化酶系統所分解，直至消化末端才能被腸道菌選擇性地發酵利用。腸道中的有害菌（如腐敗菌及病原菌等）也無法利用它，因此人體食用后可直達大腸，高選擇性地促進人體腸內有益菌—雙歧桿菌的生長及增殖，同時抑制病原菌生長及毒素的產生，達到清潔腸道，促進人體健康。